对于初次接触印制电路板设计的用户来说，首先面临的问题就是设计工作种究竟包括那些步骤，应从什么地方入手，各个步骤之间的衔接关系如何等等。因此在利用Protel99SE设计印制电路板之前，必须了解基本工序，也就似乎印制电路板的布线流程。
(1)绘制正确的原理图和网络表。原理图是设计PCB的前提，而网络表是连接原理图和PCB图的桥梁，所以在绘制PCB之前一定要先得到正确的原理图和网络表。
(2)确定元件封装。要完成从原理图到PCB的转换，只有各个元件对象的连接关系是不够的，还必须知道每一个元件的封装形式(Footprint)。Protel99 SE提供了丰富的标准元件封装库，在导入网络表文件之前，必须先加载元件封装库，并且要确保所有用的库都已载入。
(3)设置环境参数。用户可以根据自己的习惯设置环境参数，如栅格大小，栅格捕捉大小，公制英制单位的转换以及工作层的颜色等。另外，因为PCB图由很多层构成，所以还需要对PCB图层进行设置。
(4)规划印制电路板。这一步主要是对印制电路板的各种物理参数进行设置，包括印制电路板是采用双面板还是多层板，印制电路板的形状，尺寸，印制电路板的安装方式，在需要放置固定孔的地方放上适当大小的焊盘，在禁止布线层上绘制PCB的外形轮廓等等。
(5)导入网络表。网络表中包含了各个元件的封装形式以及元件之间的连接关系，因此导入网络表后就得到了PCB的后续设计基础。
(6)布局元件。应当从机械结构，散热，电磁干扰，将来布线的方便性等各方面综合考虑元件的布局。先布置与机械结构有关的元件并锁定这些元件，然后布置较大的，占用空间较多的元件和电路的核心元件，最后布置外围的小元件。
(7)制定详细的布线规则。布线规则包括走线间距，各种线宽，过孔的大小，布线的拓扑结构等等。这些规则需要根据所设计的印制电路板的实际情况进行设置.另外,还要在不希望有走线的区域内放置填充层,如散热器和卧放的两脚晶振下方所在的布线层.
(8)PCB布线.这一步骤包括了人工布线,自动布线和人工调整3个小步骤.
(9)敷铜和补泪滴.为了增强印制电路板的抗干扰能力,需要对各布线层的地线网络进行敷铜,根据需要可以进行网络状敷铜或实心敷铜,也可以对电源网进行敷铜.另外,还需要对所有过孔和焊盘补泪滴,对于贴片和单面板一定要加泪滴.
(10)进行设计规则检查.为了确保印制电路版图符合设计规则,所有网络均已经正确连接,布线完毕后一定要做设计规则检查.这一步与前面的制定详细的布线规则是相互呼应的.一方面,可以根据制订好的布线规则来检查布线错误;另一方面,如果布线过程中需要忽略某些错误,也可以对布线规则进行修改.
(11)调整其余层上的信息.以上步骤全部完成并且通过设计规则检查后,将所有丝印层的字符拖到合适的位置,注意字符不要放在元件下面或过孔和焊盘的上面,对于过大的字符可适当缩小.最后在放上印制电路板名称,设计版本号,公司名称,文件首次加工日期,印制板文件名,文件加工编号等信息,并可用第三方提供的程序加上中文注释.
(12)保存和导出印制电路板文件.设计完成后,还要对印制电路板文件进行整理,存档和打印图纸等工作.此外还可以导出元件明细表,生产电子表格文档的元件清单等.
